各種蠅類的幼蟲也就是平時所說的蛆類，對蘑菇的危害很大，不但吃食蘑菇菌絲還傳播病害。菇蠅主要孽生在糞便中，通過培養料帶入菇房。出菇后往往發現各種顏色的菌蛆聚集在菌蓋與菌柄的接觸處，或鉆入菌柄內部，嚴重影響蘑菇的質量和產量。　　
　　防止措施：1、在堆料期間，料堆周圍應經常噴灑0.5%的敵敵畏；2、菇房周圍也應定期噴灑敵敵畏藥劑，經常進行環境消毒；3、堆料前糞肥先進行預堆，進房后采用后發酵技術，都可達到防止蠅蛆發生的效果；4、出菇后若發生菇蠅或菌蛆，可用1000倍液的除蟲菊酯噴灑，既無藥害殘留，又有較好的防治效果。